Il museo è allestito all’interno del Palazzo del Comune, la cui costruzione, iniziata nel 1416, vede diversi successivi interventi architettonici tra cui, negli anni 1774 – 75, la progettazione, affidata all’architetto Ludovico Bolognini, di una grande sala in origine destinata ad archivio e poi destinata alle riunioni del Consiglio Generale e ad altre riunioni di particolare importanza. In particolare nel novembre 1796 si decise che in quella sala si sarebbe tenuto il Congresso Centumvirale: a questo scopo furono costruite le tribune nella sala, che fu detta la Sala Patriottica.
Come è noto qui, il 7 gennaio 1797 nasce il Tricolore, bandiera di uno Stato Sovrano, destinata a diventare presto il simbolo dell’indipendenza e dell’unità nazionale. In locali prospicienti la Sala del Tricolore, articolati in due diversi piani, tra il 2004 e il 2006 è stato allestito il Museo del Tricolore.
Nel 2017, in occasione di una generale revisione dei percorsi e della definizione di un nuovo ingresso dedicato al Museo, è stata inaugurata una sezione dedicata alla contemporaneità che ha accolto, accanto a nuovi spazi laboratoriali, l’importante nucleo di opere del progetto Novanta artisti per una bandiera, voluto da Deanna Veroni per il sostegno dell’Ospedale della Mamma e del Bambino e donato dalla famiglia Storchi alla città.
